Если под Java EE вы имеете в виду EJB 3, то выбор будет либо этим, либо Spring. Я бы не рекомендовал оба вместе.
Я бы сказал, перейдите на Spring, если вы хотите обойтись с движком сервлетов / JSP, таким как Tomcat, для вашего сервера приложений. Это путь, по которому я пошел, и я нашел, что это правильное направление.
Если вы хотите Java EE и EJB, я бы сказал, что Glassfish будет хорошим выбором, поскольку он, скорее всего, будет соответствовать современным требованиям или предложению с открытым исходным кодом JBOSS (не Red Hat, за плату). *
Я думаю, что IntelliJ - лучшая IDE на рынке. Я бы порекомендовал это по Eclipse.