Какую версию CDT вы используете?
Если у вас установлена последняя версия CDT 6+, вы можете выполнить импорт проекта (а также сборку) из командной строки. Для этого:
eclipse -nosplash
-application org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.headlessbuild
-import {[uri:/]/path/to/project}
-build {project_name | all}
-cleanBuild {projec_name | all}
Переключатель импорта может использоваться сам по себе. Вам нужно указать рабочую область, в которую вы хотите импортировать, с помощью -data как обычно для Eclipse. Переключатели, показанные выше, предоставляются подключаемым модулем управляемой сборки CDT, но должны работать с не-CDT проектами (если нет, дайте мне знать - я написал функцию;)).
См. этот вопрос о сборке без головы для получения дополнительной информации о других коммутаторах.