Предложение
Этот хук не может повлиять на результат проверки git
означает, что код выхода хука не может помешать выполнению проверки. Крюк запускается после оформления заказа, и вы можете делать что угодно в рабочем дереве. Например:
#!/bin/sh
# post-checkout hook:
# chmod directories and executable files 0777,
# chmod other files 0666. Exclude .git.
find . \( -name .git -type d -prune \) -o -exec chmod a+rwX '{}' \+