пакет curl недоступен для нескольких пакетов R

Question

Я только что установил ubunutu 18.04 и успешно установил R версии 3.5.1. У меня проблемы с установкой пакетов R, таких как plotly. Похоже, пакеты curl и httr недоступны. Полное сообщение об ошибке:

> install.packages("plotly")
Installing package into ‘/home/lualeperez/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘curl’, ‘openssl’, ‘httr’

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/curl_3.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 367047 bytes (358 KB)
==================================================
downloaded 358 KB

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/openssl_1.0.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1194883 bytes (1.1 MB)
==================================================
downloaded 1.1 MB

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/httr_1.3.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 147593 bytes (144 KB)
==================================================
downloaded 144 KB

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/plotly_4.8.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1860673 bytes (1.8 MB)
==================================================
downloaded 1.8 MB

* installing *source* package ‘curl’ ...
** package ‘curl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Package libcurl was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libcurl.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'libcurl' found
Package libcurl was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libcurl.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'libcurl' found
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lcurl
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘curl’
* removing ‘/home/lualeperez/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/curl’
* installing *source* package ‘openssl’ ...
** package ‘openssl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Using PKG_CFLAGS=
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: openssl@1.1 (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘openssl’
* removing ‘/home/lualeperez/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/openssl’
ERROR: dependencies ‘curl’, ‘openssl’ are not available for package ‘httr’
* removing ‘/home/lualeperez/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/httr’
ERROR: dependency ‘httr’ is not available for package ‘plotly’
* removing ‘/home/lualeperez/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/plotly’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpNTZBPJ/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("plotly") :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages("plotly") :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages("plotly") :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
4: In install.packages("plotly") :
  installation of package ‘plotly’ had non-zero exit status

Я попытался решить проблему, установив libcurl4, выполнив

sudo apt-get install libcurl4

но затем системы удаляют все зависимости r-base.

Я не пытался решить проблему с пакетом httr.

Есть ли у кого-нибудь подсказки, как решить эту проблему?

Answer 1

Просто столкнулся с той же проблемой, вот решение, которое я нашел:

Поскольку после установки libcurl4-openssl-dev удаляются все пакеты r-base, то, что я сделал, было

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev r-base

и потом

R -q -e "install.packages(c('curl'))"

и это сработало.

Единственное предостережение в том, что он обновляет вашу версию R, но если вы уже используете последнюю версию, это не проблема.

Answer 2

Вы пытаетесь скомпилировать из источника. Это иногда имеет так называемые зависимости сборки . Вы пропускаете их, и вы пропускаете (несколько ясные) сообщения об ошибках этого расширения, потому что вы забиты множеством установок.

Итак, первый совет, так что по одной упаковке за раз.

Второй совет: поймите, что многие (если не все) из них доступны в Ubuntu . Так что просто сделай

sudo apt install r-cran-curl

для установки например, curl. То же самое для остальных.

Третий совет: в PPA Майкла есть более 3000 пакетов CRAN для Ubuntu. Прочитайте верхнюю часть этот README и затем этот PPA (при условии, что вы хотите 3,5, что вы делаете).