Вы не можете. Вы должны клонировать источники, если хотите внести в них изменения.
Это частично добровольно. Flutter специально разработан для того, чтобы можно было легко копировать источники и вносить некоторые изменения.
Если это слишком плохое решение, вы можете вместо этого развевать флаттер.
Flutter очень прост для разветвления, так как процесс установки - не что иное, как простой клон git: