Если вы говорите об использовании этих расширений в общедоступных URL-адресах, я бы сказал, что не используйте:
Расширение имени файла. Это очень
общий. "cgi", даже ".html"
что-то, что изменится. Ты можешь
не использовать HTML для этой страницы в 20
лет, но вы можете захотеть сегодняшнего
ссылки на него еще действительны.
канонический способ сделать ссылки на
Сайт W3C не использует расширение.
(взято из Руководство по стилю URL W3C )
Вы можете достичь этого с помощью mod_rewrite, например.
Однако, если вы говорите о том, как назвать ваши файлы в файловой системе, это в значительной степени вопрос вкуса. Я думаю, что оба предложенных вами расширения (phtml и php) имеют смысл, главное, чтобы они были согласованными.
Редактировать: Кроме того, поскольку вы сказали, что это для фреймворка, вам следует рассмотреть возможность выбора нестандартного расширения, которое может потребовать дополнительной настройки веб-сервера. Например, чтобы поддерживать как .phtml, так и .php в Apache:
AddType application/x-httpd-php .phtml .php