Я не хочу воскрешать старый вопрос, но мне нужно было решение, о котором этот вопрос задавал. Я многое оценил и пришел к выводу, что на самом деле не было ни одной хорошей библиотеки .NET для этого. Так что я сделал свой.
Библиотека называется nClam и подключается к серверу ClamAV. Это библиотека с открытым исходным кодом (Apache License 2.0), которая имеет очень простой API. Вы можете получить его здесь: https://github.com/tekmaven/nClam. Существует также пакет nuget: nClam.
Я надеюсь, что кто-то, кто наткнется на этот вопрос в будущем, получит пользу от моей библиотеки!