Вы не должны помещать не-Java-код в ресурсы, если вы не хотите включать эти файлы в свои JAR-файлы, как предложил heckj. Все, что находится в ресурсах, автоматически копируется в файл JAR, и я думаю, вы не хотите, чтобы сценарии оболочки и сценарии SQL включались в файл JAR, верно?
Таким образом, Maven мог бы создать дополнительные папки в src / main. Например. создайте папку sql для сценариев SQL, папку sh для сценариев оболочки и т. д. Это место, где другие плагины Maven также ожидают источники, например, для C ++, Groovy и т. д.