Коммиты git не будут одинаковыми на двух сайтах, если все, что они хэшируют, не будет одинаковым. Это означает дату коммита, автора, содержимое всех файлов в коммите, родительский коммит (если есть) и, возможно, другие вещи, которые я не могу придумать.
Вы можете попробовать исправить эти вещи с помощью git commit --date=<some date> --author=<some author>
и посмотреть, достаточно ли этого, чтобы коммиты соответствовали. Я не знаю, сработает ли это, но стоит попробовать.
Звучит так, как будто это будет болезненно в долгосрочной перспективе. Git не предназначен для отслеживания мульти-терабайтных файлов. Я думаю, что вы собираетесь загнать себя в угол. Вы можете посмотреть на git-annex или git-lfs и посмотреть, подходят ли они для ваших нужд. Или, может быть, вам нужно изобрести какой-то собственный метод описания дельты и хранить только дельты в git.