Нет простого способа сделать это в GUI (пока). Вам нужен Куратор , который может удалять или сводить индексы по времени (удалять индексы старше 7 дней) или по количеству документов в индексе.
В будущей версии будет встроенный инструмент для этого в Kibana, но его нет в текущей версии (6.5). Вероятно, он выйдет с Elastic 6.6 (как бета), но вам, возможно, даже придется подождать 7.X