Здесь вам не хватает части, по сути - вы не должны использовать только Subversion для развертывания для тестирования и производства. Лучше всего использовать какой-то сценарий, который будет извлекать сборку из Subversion (если использовать экспорт SVN, он не приведет к перехватам файлов Subversion), создавать любые необходимые файлы (используя MSBuild, который может быть написан в сценарии), удалять ненужные файлы (например, файлы .aspx.cs, так как вы их создали) и скопируйте их в свою среду.
Локально, мы используем powershell, чтобы склеить все вместе, и сочетание командной строки svn, MSBuild и nUnit из командной строки для выполнения наших сборок.