В затмении вы можете использовать несколько проектов
Версия1 и Версия два содержат одни и те же файлы, но разные реализации. В Main вы обычно пишете, например,
import org.mycustom.Version;
И если вы включили проект Version1 / Version2 в качестве ссылки, он будет компилироваться с файлом Version.java из проекта Version1 / Version2.