Я не могу говорить за людей Java, но со стороны .NET я считаю, что файлы сопоставления могут быть общими (файлы XML, описывающие отношения между базой данных и объектами).
Кроме этого, чем бы вы хотели поделиться? Вы думаете о бизнес-логике? Пожалуйста, дайте определение "поделиться логикой" немного дальше.
Вы могли бы попросить ваших Java-людей написать код персистентности и представить его как сервисы RESTful, тогда программисты .NET Windows GUI могли просто написать код против этого ... или наоборот.
В конечном счете, кода Hibernate / nHibernate не должно быть много, так как вам больше не нужно писать столько кода доступа к данным. Остается только логика приложения с минимальным взаимодействием с (n) Hibernate, которая будет отличаться в зависимости от вашего языка.