Спасибо за ваш вопрос. Вы перечислили два обходных пути, которые я бы предложил, я подробно опишу плюсы и минусы:
Новый ключ API для каждого клиента: Может быть неудобно менять ботов каждый раз, когда вы хотите посмотреть на показатели других пользователей. Вы также должны создать общий API (бот), куда вы отправляете все сообщения, чтобы получить совокупные метрики. Это будет означать два вызова API для каждого сообщения.
Дифференциация по фильтру версий: Это будет предпочтительный метод, однако он может увеличить время загрузки ваших отчетов по мере роста числа пользователей. Преимущество состоит в том, что все ваши метрики находятся в одном месте, и они будут агрегированы, при этом нужно будет только отправить один вызов API для каждого сообщения.