Когда вы запускаете файл docker-compose.yml, который определяет сервисы, которые вы делаете, то есть базу данных mysql, которая отображает локальный том (от хоста) внутри контейнера, он создает необходимые папки и файлы для mysql использовать. И дает им root
пользователя как владельца.
Вы не сможете работать с этим дальше. Я бы порекомендовал никогда изменять разрешения для вашей папки базы данных
Лучшее решение для вас - отложить том базы данных. Где-нибудь еще. Но не внутри вашего проекта. Поместите это в ../.docker/data/db
или что-то.