Настройка вашей ветви в точном соответствии с удаленной веткой может быть выполнена в два шага:
git fetch origin
git reset --hard origin/master
Если вы хотите сохранить текущее состояние вашей ветви перед этим (на всякий случай), вы можете сделать:
git commit -a -m "Saving my work, just in case"
git branch my-saved-work
Теперь ваша работа сохраняется в ветке "my-save-work" на тот случай, если вы решите, что хотите вернуть ее (или хотите посмотреть на нее позже или сравнить ее с обновленной веткой).
Обратите внимание, что в первом примере предполагается, что имя удаленного репо - "origin", и что ветвь с именем "master" в удаленном репо соответствует текущей извлеченной ветке в вашем локальном репо.
Кстати, эта ситуация, в которой вы находитесь, очень похожа на обычный случай, когда в текущую извлеченную ветвь ненастроенного репозитория был сделан переход. Вы недавно продвигались в свой локальный репо? Если нет, то не стоит беспокоиться - что-то еще должно было привести к изменению этих файлов. В противном случае вы должны знать, что не рекомендуется загружать в не-пустой репозиторий (и, в частности, не в извлеченную ветку).