Если вы используете Apache в качестве интерфейса для Mongrel, не имеет значения, поддерживает ли Mongrel IPv6 или нет, поскольку Apache все равно будет обслуживать ваши запросы через IPv6.
Вполне приемлемо, чтобы Apache прослушивал [::]:80, и прокси для Mongrel, работающего на 127.0.0.1:1234, или что бы вы ни использовали, и будет не менее «готов к IPv6», чем прокси для Mongrel, на котором работает, скажем [::1]:1234.
Петлевой интерфейс 127.0.0.1 никуда не денется в ближайшее время, даже после апокалипсиса !