Этот пост может быть немного старым, но у меня тоже недавно была такая же проблема. Первое решение, предложенное Джоном Штауффером, является хорошим, но у меня были некоторые проблемы, так как я работаю этой весной. Я использую пружинные зависимости-файлы, которые я использую, имеет несколько файлов свойств и объявление xml-схем, которые имеют одинаковые пути и имена. Несмотря на то, что эти файлы находятся в тех же версиях, maven-goal jar-with-dependencies перезаписывал файл тезисов последним найденным файлом.
В итоге приложение не удалось запустить, поскольку пружинные банки не смогли найти правильные файлы свойств. В этом случае решение, предложенное Rop, решило мою проблему.
Также с тех пор проект весенней загрузки теперь существует. У него есть очень крутой способ справиться с этой проблемой, предоставив maven цель, которая перегружает цель пакета и предоставляет собственный загрузчик классов. См. пружинные сапоги Справочное руководство