Проект приложения позволяет использовать папку Models для встраивания классов. Затем он будет скомпилирован для этого веб-проекта. Веб-сайт не предусматривает это напрямую. Это потребовало бы, чтобы вы использовали ассемблерный проект для поддержки всех ваших классов. Вместо того, чтобы конвертировать из одного типа проекта в другой (что я не знаю, как вы будете это делать), вы можете просто присоединить проект сборки к вашему веб-приложению и не сохранять какие-либо классы в папке модели вашего приложения.
Сказав это, вы должны сохранить свой веб-проект как приложение, поскольку обычно существуют определенные классы представления, которые требуются, такие как классы модели представления, которые принадлежат веб-проекту.