Функция index () возвращает индекс первого вхождения элемента в списке.Это вызывает неожиданный вывод в вашей программе.Например,
arr = [1, 1, 1]
print (arr.index(1))
Программа всегда выводит 0, так как именно здесь вначале происходит 1.
Вы можете попробовать использовать метод enumerate (), который фактически выполняет итерации как по элементам, так и по индексам.
for ind, elem in enumerate(arr):
# here ind is the index of elem in arr.
# elem in the element you are currently at while iterating through arr