Нет, в MySQL невозможно иметь "каталоги".SQL Server и Sybase реализуют их, но не MySQL.
Сказав это, вы все равно можете запускать несколько экземпляров MySQL на одном компьютере.
Каждый из них будет:
- Сохранить данные в другом [внутреннем] каталоге.
- Будет прослушивать другой сетевой порт.
- Будет иметь отдельную защиту (пользователи, разрешения).
- Может быть та же или другая версия MySQL.