res.render не является просто псевдонимом для pug.renderFile, он обрабатывает внедрение app.locals и некоторых других битов.Если вы хотите выполнить рендеринг pug вручную, вам нужно будет вручную добавить app.locals, однако pug это обрабатывает.
В этом случае pug.renderFile должен принять второй параметр, который используется какобъект locals, поэтому, если вы сделаете что-то вроде res.send(pug.renderFile(template, app.locals));
, то сможете добиться того, чтобы ваши местные жители вставляли шаблон мопса вручную по желанию.
Edit: Как указано вВ комментариях Асафа Авива app.locals автоматически присваивается каждому объекту запроса, поэтому вы также можете получить к нему доступ из req.app.locals
.