В рабочей статье разработчика IBM, на которую вы ссылаетесь, содержится все, что вам нужно знать, в том числе о том, как загружать собственные dll-файлы.
Обратите внимание на элемент nativelib в ресурсах. Упомянутый здесь файл jar будет содержать любые собственные библиотеки, необходимые для приложения. См. здесь для объяснения использования nativelib.