Я пытаюсь загрузить R в мой докер-контейнер через файл докера.Не удается установить некоторые пакеты R, например rvest.Я также устанавливаю NiFi & Python одновременно.Вот мой dockerfile:
FROM apache/nifi
ADD run.sh .
COPY nifi-extracttext-nar-1.5.nar /opt/nifi/nifi-1.8.0/lib
USER root
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y python3 python3-dev python3-pip
RUN pip3 install bs4
RUN pip3 install requests
RUN chmod 777 run.sh
# PROBLEM AREA (everything above works great)
RUN apt-get -y install r-base
RUN apt-get -y install libcurl4-openssl-dev
RUN apt-get install libcurl4-openssl-dev
#setup R configs
FROM r-base:latest
RUN Rscript -e "install.packages('tidyverse', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN Rscript -e "install.packages('httr', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN Rscript -e "install.packages('rvest', repos = 'http://cran.us.rproject.org')"
USER nifi
ENTRYPOINT ["./run.sh"]
Проблемным моментом является определенная установка самого R, а также пакетов, которые я хочу.Как правильно отформатировать установку пакета R?Изначально я извлек формат из этой ссылки , но не настолько уверен, что Rscript является правильным.
rvest, кажется, является здесь особой проблемой.
UDPDATE:
Когда я пытаюсь запустить свой скрипт после сборки / запуска Docker, я получаю эту ошибку:
Error in library(httr) : there is no package called ‘httr’
Execution halted
ERROR: dependency ‘openssl’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/httr’
Почему это случилось ???Я установил его через Docker.
Вот некоторые из ошибок:
The downloaded source packages are in
'/tmp/RtmpykICxP/downloaded_packages'
Warning messages:
1: In install.packages("rvest", repos = "http://cran.us.r-project.org") :
installation of package 'openssl' had non-zero exit status
2: In install.packages("rvest", repos = "http://cran.us.r-project.org") :
installation of package 'xml2' had non-zero exit status
3: In install.packages("rvest", repos = "http://cran.us.r-project.org") :
installation of package 'httr' had non-zero exit status
4: In install.packages("rvest", repos = "http://cran.us.r-project.org") :
installation of package 'rvest' had non-zero exit status
И:
ERROR: configuration failed for package ‘xml2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/xml2’
ERROR: dependency ‘openssl’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/httr’
ERROR: dependencies ‘xml2’, ‘httr’ are not available for package ‘rvest’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/rvest’
И:
ERROR: dependencies ‘xml2’, ‘httr’ are not available for package ‘rvest’
Я обнаружил эти ошибки после обхода терминала и построения образа.