Docker - как смонтировать / var / lib / mysql в контейнер Docker MySQL

Question

Возможно смонтировать существующие установленные данные mysql / var / lib / mysql в контейнер докера mysql.

Потому что я не хочу переносить все мои mysql и mongodb, потому что у меня есть данные 50+ Гб, и этоежедневно увеличивается.

Я установил том для монтирования с папкой данных mysql, но, к сожалению, он не работает для меня.

Я пытался, но это не работает, я что-то упустил или что-то не так?

version: "3"
services:
  app:
    build:
      context: ./app
      dockerfile: ./dockerfile      
    container_name: flaskPython
    links:
      - mysqldb
      - mongodb
    ports:
      - "5000:5000"
  myadmin:
        image: phpmyadmin/phpmyadmin
        container_name: phpmyadmin
        ports:
            - "8282:80"
        environment:
            - PMA_ARBITRARY=1
            - PMA_HOST=${MYSQL_HOST}
        restart: always
        depends_on:
            - mysqldb
            - mongodb  
  mysqldb:
        image: mysql:${MYSQL_VERSION}
        container_name: ${MYSQL_HOST}
        restart: 'always'
        expose:
            - '3306'
        env_file:
            - ".env"
        environment:
            - MYSQL_DATABASE=${MYSQL_DATABASE}
            - MYSQL_ROOT_PASSWORD=${MYSQL_ROOT_PASSWORD}
            - MYSQL_USER=${MYSQL_USER}
            - MYSQL_PASSWORD=${MYSQL_PASSWORD}
        ports:
            - "8989:3306"
        volumes:
            #- ./data/db/mysql:/var/lib/mysql
            - /var/lib/mysql:/var/lib/mysql
  mongodb:
        image: mongo
        container_name: mongodb
        restart: always
        environment:

          - MONGO_INITDB_ROOT_USERNAME=root
          - MONGO_INITDB_ROOT_PASSWORD=root
        # if you wish to setup additional user accounts specific per DB or with different roles you can use following entry point
        #no --auth is needed here as presence of username and password add this option automatically
        command: mongod
        ports:
            - "27017:27017"
        volumes:
          - ./mongo-entrypoint/:/docker-entrypoint-initdb.d/
          - ./data/db/mongo:/usr/data/db

Журналы:

2019-02-01T16:08:20.100825Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2019-02-01T16:08:20.101919Z 0 [Note] mysqld (mysqld 5.7.22) starting as process 1 ...
2019-02-01T16:08:20.104031Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2019-02-01T16:08:20.104043Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2019-02-01T16:08:20.104046Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2019-02-01T16:08:20.104048Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2019-02-01T16:08:20.104050Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2019-02-01T16:08:20.104052Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2019-02-01T16:08:20.104214Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2019-02-01T16:08:20.104285Z 0 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2019-02-01T16:08:20.105476Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 128M, instances = 1, chunk size = 128M
2019-02-01T16:08:20.110790Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2019-02-01T16:08:20.112288Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
2019-02-01T16:08:20.123892Z 0 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2019-02-01T16:08:20.139921Z 0 [Note] InnoDB: Creating shared tablespace for temporary tables
2019-02-01T16:08:20.139996Z 0 [Note] InnoDB: Setting file './ibtmp1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
2019-02-01T16:08:20.170786Z 0 [Note] InnoDB: File './ibtmp1' size is now 12 MB.
2019-02-01T16:08:20.173104Z 0 [Note] InnoDB: 96 redo rollback segment(s) found. 96 redo rollback segment(s) are active.
2019-02-01T16:08:20.173143Z 0 [Note] InnoDB: 32 non-redo rollback segment(s) are active.
2019-02-01T16:08:20.174483Z 0 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2019-02-01T16:08:20.224878Z 0 [Note] InnoDB: 5.7.22 started; log sequence number 1529088986
2019-02-01T16:08:20.225403Z 0 [Note] InnoDB: Loading buffer pool(s) from /var/lib/mysql/ib_buffer_pool
2019-02-01T16:08:20.225887Z 0 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
2019-02-01T16:08:20.231185Z 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) load completed at 190201 16:08:20
2019-02-01T16:08:20.233231Z 0 [Warning] Failed to set up SSL because of the following SSL library error: SSL context is not usable without certificate and private key
2019-02-01T16:08:20.233502Z 0 [Note] Server hostname (bind-address): '*'; port: 3306
2019-02-01T16:08:20.233535Z 0 [Note] IPv6 is available.
2019-02-01T16:08:20.233544Z 0 [Note]   - '::' resolves to '::';
2019-02-01T16:08:20.233556Z 0 [Note] Server socket created on IP: '::'.
2019-02-01T16:08:20.236451Z 0 [Warning] Insecure configuration for --pid-file: Location '/var/run/mysqld' in the path is accessible to all OS users. Consider choosing a different directory.
2019-02-01T16:08:20.248740Z 0 [Warning] 'user' entry 'root@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.248832Z 0 [Warning] 'user' entry 'mysql.session@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.248857Z 0 [Warning] 'user' entry 'mysql.sys@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.248875Z 0 [Warning] 'user' entry 'debian-sys-maint@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.248921Z 0 [Warning] 'db' entry 'performance_schema mysql.session@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.248935Z 0 [Warning] 'db' entry 'sys mysql.sys@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.249216Z 0 [Warning] 'proxies_priv' entry '@ root@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.256300Z 0 [Warning] 'tables_priv' entry 'user mysql.session@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.256349Z 0 [Warning] 'tables_priv' entry 'sys_config mysql.sys@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-02-01T16:08:20.301149Z 0 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
2019-02-01T16:08:20.301811Z 0 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.7.22'  socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock'  port: 3306  MySQL Community Server (GPL)

Получение разных ошибок, потому что я внес некоторые изменения.иногда происходит сбой контейнера, иногда невозможно подключиться к mysql (111)

Answer 1

Проблема

Проблема может быть в версиях Mysql и MongoDB и / или UID и GID пользователя для /var/lib/mysql и /data/db/mongo.

Версии

Прежде всего версии Mysql и MongoDB, работающие в контейнере, должны совпадать с версиями, запущенными на хосте, чтобы вы могли использовать те же папки, что и на хосте.

Имейте в виду, что нельзя одновременно использовать сервер Mysql и сервер MongoDB на хосте и в контейнерах, совместно используя одни и те же файлы.

Под одними и теми же файлами я имею в виду /var/lib/mysql и /data/db/mongo на вашем хосте.

Если вы хотите, чтобы серверы работали на локальном хосте, вам нужно скопировать эти папки в другое место и иметь те же UID и GID для пользователя.

UID и GID пользователя

Пользователь Mysql и пользователь базы данных Mongo внутри контейнера докера и хоста должны иметь одинаковые UID и GID.

Проверьте их в обоих:

$ sudo docker run --rm -it mysql bash
root@4c07b20e88c4:/# grep -irn mysql /etc/passwd
20:mysql:x:999:999::/home/mysql:
root@4c07b20e88c4:/# grep -irn mysql /etc/group
40:mysql:x:999:

или в:

root@4c07b20e88c4:/# id -u mysql
999
root@4c07b20e88c4:/# id -g mysql
999

Как видите, UID равен 999nd GID также 999 для пользователя и группы.Теперь просто повторите то же самое на хосте.

Возможное решение

Проверьте версии для Mysql и MongoDB на хосте и в контейнере и, если они не совпадают, обновите контейнер для запуска тех же версийхоста.

Также задайте для пользователя Mysql и MongoDB на хосте тот же UID и GID, который используется внутри контейнера, или наоборот ... выберите тот, который лучше всего подходит для вашего использованияcase.

Изменение UID и GID пользователя

Запустите в оболочке:

root@4c07b20e88c4:/# usermod -u 800 mysql
root@4c07b20e88c4:/# id -u mysql
800
root@4c07b20e88c4:/# groupmod -g 800 mysql
root@4c07b20e88c4:/# id -g mysql
800

замените 800 на нужный номер идентификатора и mysql наимя пользователя, для которого вы хотите изменить идентификаторы.

Далее обновите права доступа к файлу для этого пользователя:

find / -user <OLDUID> -exec chown -h <NEWUID> {} \;

и для группы:

find / -group <OLDGID> -exec chgrp -h <NEWGID> {} \;

Дополнительная информация здесь