Internet Explorer вызывает либо LaunchApplication , либо ShOpenVerbApplication процедуру из dfshim.dll за кулисами, тогда как Firefox подключаемый модуль (как а также стандартный загрузчик, созданный Visual Studio 2008-2010, который также может вызывать эту редкую ошибку), для запуска приложений ClickOnce используется другой устаревший метод. (Обратите внимание, что LaunchApplication требует как минимум .NET Framework 2 SP 2.)
Чтобы избежать такой ошибки, можно перенаправить Internet Explorer в манифест развертывания (.application) и все другие браузеры в пользовательский установщик (.exe), который при необходимости установит .NET Framework, а затем вызовет ShOpenVerbApplication .