Не уверен, какую версию фреймворка вы используете, но если это .NET 2.0 (не использует WCF), посмотрите Расширения веб-сервисов 3.0 .
Это позволит вам реализовать стандарты WS-Security в веб-службах .NET 2.0.
А если вы используете WCF, ознакомьтесь с этой статьей , чтобы получить некоторые идеи о том, как защитить свои службы с использованием стандартов WS-Security.