Вы пытаетесь организовать dll, сгенерированные приложением после компиляции, или сторонние dll и внешние dll, используемые вашим приложением?
Если это последнее, а вы этого еще не сделали, вы можете организовать их в любую иерархию, которую вы выберете вне приложения (но внутри решения). Затем вы можете ссылаться на dll оттуда.
Попытка упорядочить файлы, сгенерированные компилятором asp.net, напоминает плавание вверх по течению.