Вы можете увеличить размер рабочей области (svg) следующим образом:
var chart = venn.VennDiagram().width(1200).height(500);
Как вы можете видеть в JSFiddle , который вы связали.
Если выне могу жестко прописать ширину и высоту, я думаю, вы можете рассчитать их, прежде чем назначать их.