Этот запрос работает:
select id from wagtailcore_pagerevision
where id in (select live_revision_id as id from wagtailcore_page)
Этот запрос не дает результатов:
select id from wagtailcore_pagerevision
where id not in (select live_revision_id as id from wagtailcore_page)
(Разница составляет in против not in.)
... но по проверке данных я очень ясно вижу, что результатом второго запроса должно быть много сотен строк.
Индекс для столбца live_revision_id существует, и id, конечно, является первичным ключом.