На основе предоставленной информации, что _id является первичным ключом.
Вы можете удалить все записи, где _id не является максимальным (_id) значением для уведомления, ключ владельца
delete
from notification_invoice a
where a._id not in (select max(b._id)
FROM notification_invoice b
where b.notificationDate >= 1536019200000
and b.providerId in ("1234","567")
group by b.notificationdate
,b.ownerKey
)