Из того, что я понял, вы хотите посчитать, сколько раз все элементы A повторяются по порядку в B , даже если между ними есть другие элементы.
Если это так, вы можете использовать:
A = [1,2,3]
B = [1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,3,1,1,2,2,3,2,3,3,3,3,3,3,3,3]
counters = [0 for _ in A] # initialize a list with the same number of values of A, but all at 0
for x in B: # for each element in B
for n in range(len(A)): # for all the indexes in A
if x == A[n]: # if the element in B is present in A
if n == 0 or (counters[n] < counters[n-1]):
# if n == 0, is the first element of A: we know it's a start of a possible match
# if the previous number in index is higher of the current number, means that we are looking for the match to continue
counters[n] += 1 # add 1 to the current number
break
print counters[-1] # the last number of the counters represent the times that you reached the end of a match