Используйте IGNORE_DUP_KEY = OFF
во время определения первичного ключа, чтобы игнорировать дубликаты при вставке.
например
create table X( col1.....)
CONSTRAINT [pk_X] PRIMARY KEY CLUSTERED
(
)WITH (PAD_INDEX = OFF, STATISTICS_NORECOMPUTE = OFF, IGNORE_DUP_KEY = OFF, ALLOW_ROW_LOCKS = ON, ALLOW_PAGE_LOCKS = ON, FILLFACTOR = 70) ON [PRIMARY]
) ON [PRIMARY]