Существует два продукта JavaSE и JavaEE.
EE - это веб-приложение / корпоративная версия, которая позволяет разрабатывать и запускать веб-приложения.
SE - это простой Java-продукт, в котором нет специфики EE, но он является подмножеством EE.
SE бывает двух типов: JDK и JRE.
Существует одно большое различие, которое может быть неочевидным, и я не уверен, применимо ли это ко всем операционным системам, но в Windows JRE не имеет сервер HotSpot JVM, только клиентский, JDK имеет оба, и насколько я знаю, все другие ОС имеют как для JDK, так и для JRE.
Реальная разница в том, что JDK содержит компилятор Java, то есть JDK позволяет вам компилировать и запускать Java из исходного кода, в то время как JRE разрешает только выполнение байтового кода Java, то есть Source, который уже скомпилирован.
И да, более новые версии объединяют ряд дополнительных компонентов, таких как среда редактора NetBeans и Java в базе данных памяти (derby / cloudscape), но это не обязательно.