Не уверен, что вы подразумеваете под «выборочным» включением. На основании чего?
Направления ниже для 3.5, у меня нет 3.3, чтобы проверить, но я почти уверен, что те же самые настройки были доступны.
Перейти к окну - Настройки; выберите Java -> Редактор -> Наведение на левой стороне. Вам придется снять отметку опция Combined Hover справа; затем вы можете либо снять флажок Javadoc , либо отметить его, но указать для него ключ-модификатор (в поле редактирования ниже). В последнем случае javadoc hover появится, только если вы удержите эту клавишу.
Я должен сказать, однако, что неудобство, связанное с отсутствием Combined Handler, делает это действительно не стоящим, по моему мнению.