Картезианский продукт Performant (CROSS JOIN) с пандами - PullRequest
0 голосов
/ 10 декабря 2018

Содержимое этого поста первоначально было задумано как часть Слияния панд 101 , но из-за характера и размера контента, необходимого для полной отдачи этой теме, оно имеетбыл перемещен в свою собственную QnA.

Учитывая два простых DataFrames;

left = pd.DataFrame({'col1' : ['A', 'B', 'C'], 'col2' : [1, 2, 3]})
right = pd.DataFrame({'col1' : ['X', 'Y', 'Z'], 'col2' : [20, 30, 50]})

left

  col1  col2
0    A     1
1    B     2
2    C     3

right

  col1  col2
0    X    20
1    Y    30
2    Z    50

Может быть вычислено перекрестное произведение этих кадров, и оно будет выглядеть примерно так:

A       1      X      20
A       1      Y      30
A       1      Z      50
B       2      X      20
B       2      Y      30
B       2      Z      50
C       3      X      20
C       3      Y      30
C       3      Z      50

Какой самый эффективный метод вычисления этого результата?

Ответы [ 3 ]

0 голосов
/ 10 декабря 2018

Используя itertools product и воссоздать значение в кадре данных

import itertools
l=list(itertools.product(left.values.tolist(),right.values.tolist()))
pd.DataFrame(list(map(lambda x : sum(x,[]),l)))
   0  1  2   3
0  A  1  X  20
1  A  1  Y  30
2  A  1  Z  50
3  B  2  X  20
4  B  2  Y  30
5  B  2  Z  50
6  C  3  X  20
7  C  3  Y  30
8  C  3  Z  50
0 голосов
/ 10 декабря 2018

Вот подход с тройным concat

m = pd.concat([pd.concat([left]*len(right)).sort_index().reset_index(drop=True),
       pd.concat([right]*len(left)).reset_index(drop=True) ], 1)

    col1  col2 col1  col2
0     A     1    X    20
1     A     1    Y    30
2     A     1    Z    50
3     B     2    X    20
4     B     2    Y    30
5     B     2    Z    50
6     C     3    X    20
7     C     3    Y    30
8     C     3    Z    50

enter image description here

0 голосов
/ 10 декабря 2018

Давайте начнем с установления эталона.Самым простым способом решения этой проблемы является использование временного столбца «ключа»:

def cartesian_product_basic(left, right):
    return (
       left.assign(key=1).merge(right.assign(key=1), on='key').drop('key', 1))

cartesian_product_basic(left, right)

  col1_x  col2_x col1_y  col2_y
0      A       1      X      20
1      A       1      Y      30
2      A       1      Z      50
3      B       2      X      20
4      B       2      Y      30
5      B       2      Z      50
6      C       3      X      20
7      C       3      Y      30
8      C       3      Z      50

Как это работает, так как обоим фреймам данных назначается временный столбец «ключа» с одинаковым значением (скажем, 1).merge затем выполняет «много-ко-многим» JOIN по «ключу».

Хотя трюк «много-ко-многим» JOIN работает для DataFrames разумного размера, вы увидите относительно более низкую производительность при работе с большими данными.

Для более быстрой реализации потребуется NumPy.Вот некоторые известные реализации NumPy 1-мерного декартового произведения .Мы можем использовать некоторые из этих эффективных решений, чтобы получить желаемый результат.Однако мне больше всего нравится первая реализация @ senderle.

def cartesian_product(*arrays):
    la = len(arrays)
    dtype = np.result_type(*arrays)
    arr = np.empty([len(a) for a in arrays] + [la], dtype=dtype)
    for i, a in enumerate(np.ix_(*arrays)):
        arr[...,i] = a
    return arr.reshape(-1, la)  

Обобщение: CROSS JOIN для уникальных или неуникальных индексированных фреймов данных

Отказ от ответственности
Эти решения оптимизированы для DataFrames с несмешанными скалярными dtypes.Если вы работаете со смешанными dtypes, используйте на свой страх и риск!

Этот трюк подойдет для любого типа DataFrame.Мы вычисляем декартово произведение числовых индексов DataFrames с использованием вышеупомянутого cartesian_product, используем его для переиндексации DataFrames и

def cartesian_product_generalized(left, right):
    la, lb = len(left), len(right)
    idx = cartesian_product(np.ogrid[:la], np.ogrid[:lb])
    return pd.DataFrame(
        np.column_stack([left.values[idx[:,0]], right.values[idx[:,1]]]))

cartesian_product_generalized(left, right)

   0  1  2   3
0  A  1  X  20
1  A  1  Y  30
2  A  1  Z  50
3  B  2  X  20
4  B  2  Y  30
5  B  2  Z  50
6  C  3  X  20
7  C  3  Y  30
8  C  3  Z  50

np.array_equal(cartesian_product_generalized(left, right),
               cartesian_product_basic(left, right))
True

И, аналогично,

left2 = left.copy()
left2.index = ['s1', 's2', 's1']

right2 = right.copy()
right2.index = ['x', 'y', 'y']


left2
   col1  col2
s1    A     1
s2    B     2
s1    C     3

right2
  col1  col2
x    X    20
y    Y    30
y    Z    50

np.array_equal(cartesian_product_generalized(left, right),
               cartesian_product_basic(left2, right2))
True

Это решение может распространяться на несколько фреймов данных.Например,

def cartesian_product_multi(*dfs):
    idx = cartesian_product(*[np.ogrid[:len(df)] for df in dfs])
    return pd.DataFrame(
        np.column_stack([df.values[idx[:,i]] for i,df in enumerate(dfs)]))

cartesian_product_multi(*[left, right, left]).head()

   0  1  2   3  4  5
0  A  1  X  20  A  1
1  A  1  X  20  B  2
2  A  1  X  20  C  3
3  A  1  X  20  D  4
4  A  1  Y  30  A  1

Дальнейшее упрощение

Более простое решение без участия * senderle cartesian_product возможно при работе с только двумя фреймами данных.Используя np.broadcast_arrays, мы можем достичь почти такого же уровня производительности.

def cartesian_product_simplified(left, right):
    la, lb = len(left), len(right)
    ia2, ib2 = np.broadcast_arrays(*np.ogrid[:la,:lb])

    return pd.DataFrame(
        np.column_stack([left.values[ia2.ravel()], right.values[ib2.ravel()]]))

np.array_equal(cartesian_product_simplified(left, right),
               cartesian_product_basic(left2, right2))
True

Сравнение производительности

Для сравнения этих решений на некоторых надуманных фреймах данных с уникальными индексами у нас есть

enter image description here

Обратите внимание, что время может варьироваться в зависимости от вашей настройки, данных и выбора вспомогательной функции cartesian_product в зависимости от ситуации.

Код производительности производительности
Это сценарий синхронизации.Все вызываемые здесь функции определены выше.

from timeit import timeit
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

res = pd.DataFrame(
       index=['cartesian_product_basic', 'cartesian_product_generalized', 
              'cartesian_product_multi', 'cartesian_product_simplified'],
       columns=[1, 10, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 800, 1000, 2000],
       dtype=float
)

for f in res.index: 
    for c in res.columns:
        # print(f,c)
        left2 = pd.concat([left] * c, ignore_index=True)
        right2 = pd.concat([right] * c, ignore_index=True)
        stmt = '{}(left2, right2)'.format(f)
        setp = 'from __main__ import left2, right2, {}'.format(f)
        res.at[f, c] = timeit(stmt, setp, number=5)

ax = res.div(res.min()).T.plot(loglog=True) 
ax.set_xlabel("N"); 
ax.set_ylabel("time (relative)");

plt.show()
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...