Сначала можно удалить более поздние индексы, чтобы их положение не сдвигалось, сначала удалив меньшие:
my_lst = [0,100,200,300,400,500,600,700,800,900,1000] # added 0 index number
# sort reversed: 9,6,4,3,1
for i in sorted([1,3,9,6,4], reverse=True):
del my_lst[i]
print(my_lst)
Вывод:
[0, 200, 500, 700, 800, 1000]