Я не слишком знаком с настольными приложениями .NET (использую Visual Studio 2005 ). Можно ли запустить приложение целиком из одного файла .exe?
Да, вы можете создать один EXE-файл. Две хорошие статьи:
Вы не должны разбивать его на несколько сборок (обычно это проекты внутри решения Visual Studio). В любом случае требуется .NET Framework, и нет способа - и это правильный путь - его встраивать.