Что?
В вашей функции проверки просто введите
document.onlyform.upload.value="";
Предполагается, что имя для загрузки:
<input type="file" name="upload" id="csv_doc"/>
Я использую JSP, не уверен, что это имеет значение ...
У меня работает, и я думаю, что это намного проще.