Если вы используете mod-rewrite, пользователю будет казаться, что он использует subdomain.domain.com, пока реальные файлы обслуживаются веб-сервером с www.domain.com/subdomain. К сожалению, веб-сервер будет отправлять ssl-сертификат для www.domain.com, что приведет к несоответствию домена и приведет к жалобе браузера пользователя. с этим ничего не поделаешь.
Один из вариантов - прийти к чистым сведениям о ваших пользователях и просто перенаправить их на www.domain.com/subdomain вместо того, чтобы переписывать их запросы. вы можете использовать директиву Apache Redirect для этого или просто отправить заголовок Location: обратно из файла-заполнителя html.