Два вопроса:
Вызов remove() удалит проиндексированные данные, но не сами индексы (удаление коллекции сделает это). Поэтому при вставке новых документов они будут добавлены в индексы, которые вы создали до вызова remove().
remove()
Вам не нужно пересоздавать индекс. Как только вы создали индекс, он будет автоматически обновляться при вставке / обновлении / удалении документов.