Вы уже заметили одну большую проблему: с удалением комментариев коммитов нет автоматической записи того, как код должен быть таким, какой он есть. Также нет способа изучить историю того, как программное обеспечение стало таким, каким оно было: это один большой кусок с большими прологическими комментариями, которые могут быть или не быть точными.
Часто, когда я сталкиваюсь с кодом, который выглядит странно, я хочу знать, как он появился. Поскольку мы используем Subversion, я могу использовать «svn blame», чтобы найти, в какой ревизии появилась строка, и проверить ее оттуда. Это обычно приводит к пониманию цели кода и дает мне подсказку, что я могу сломать, изменив его. Также часто полезно узнать, когда функция была добавлена или удалена.
Хотя это может сэкономить некоторое пространство, хорошая VCS будет хранить дельты и, следовательно, не будет занимать столько много дополнительного пространства (примечание: я не знаю, хорош ли ClearCase таким образом). В то же время, файлы, которые вы используете, набухают от комментариев пролога и, вероятно, от закомментированного или условно скомпилированного кода на случай, если это будет полезно позже.
Как человек, который раньше администрировал систему VCS, есть только две причины удалить что-то из системы. Во-первых, если зафиксировано что-то, чего не должно быть, и это вызывает проблемы (например, они могут быть очень большими - у некоторых людей возникают проблемы, когда кто-то фиксирует не только исходные файлы, но и все двоичные файлы), а другой - это неуместно (например, конфиденциальная информация).