Это случай, когда какой-либо инструмент работает для той работы, которую вы хотите сделать, и «лучше» - это субъективный термин.
Если вам нужно использовать свои контейнеры с другим кодом, соответствующим стандартам, или если это когда-либо будет код, который используется совместно для разных платформ, контейнеры STL, вероятно, будут лучшим выбором.
Если вы уверены, что ваш код останется в MFC-land, и контейнеры MFC будут работать на вас, почему бы не продолжать их использовать?
Контейнеры STL не лучше, чем контейнеры MFC, однако, поскольку они являются частью стандарта, они более полезны в более широком диапазоне контекстов.