Спецификация JPA (2) не определяет его синтаксис для Map использования в MEMBER OF (вы изначально ссылались на массивы, но я не вижу релевантности, если у вас есть карта) следовательно, вы не можете полагаться на любой синтаксис, действительный для всех реализаций JPA. Поскольку JPQL не поддерживает методы Java, такие как keySet, значения, то я не вижу вероятных. Скорее всего, он будет поддерживать только проверку существования значения, например
'867-5309' MEMBER OF p.phoneNumbers
Для справки, в JDOQL вы должны сделать
p.phoneNumbers.containsKey('home');
p.phoneNumbers.containsValue('867-5309');