Когда вы запускаете py2exe, внимательно посмотрите на окончательные сообщения после его завершения. Он дает вам список библиотек DLL, которые, по его словам, необходимы программе, но py2exe не связывается автоматически.
Многие из списка надежно доступны при любой установке Windows, но есть некоторые, которые вы должны будете вручную включить в установку Inno Setup. Некоторые из них необходимы только в том случае, если вы хотите развернуть старые версии Windows, например Win 2000 или более ранняя версия.