Вы не можете запустить PHP внутри файла JavaScript. Прежде всего потому, что PHP работает на стороне сервера и обрабатывается до того, как клиенту будет отправлена какая-либо фактическая информация http. JavaScript обрабатывается браузером на стороне клиента и отправляется в виде текста.
Похоже, вы хотите передать какую-то динамическую информацию в JavaScript. Вы можете сделать это, передав переменную следующим образом:
<?php $variable="its me"; ?>
<script>
alert('<?php print($variable)?>')
</script>
Выходные данные, переданные клиенту:
<script>
alert('its me')
</script>
Чего вы пытаетесь достичь, и, возможно, мы можем помочь вам найти лучшее решение?