Я нашел проблему. Новый сериализатор из namesapce System.Text.Json.Serialization не будет сериализовать поля, являющиеся списками. Сериализатор Newtonsoft делает. Я забыл сеттер и геттер. Неправильно:
public class X {
...
IList<Y> SomeListProperty = new List<Y>();
}
Справа:
public class X {
...
IList<Y> SomeListProperty {get;set;} = new List<Y>();
}