Попробуйте использовать вот так
$("#menu-links > li").on("click",'a', function() {
$("#menu-links > li a").parent().addClass('active').siblings().removeClass('active')
})
(или)
$("document").on("click","#menu-links li a" function() {
$("#menu-links > li a").parent().addClass('active').siblings().removeClass('active')
})
Возможно, проблема связана с загрузкой вашего JavaScript перед созданием # списка ссылок на меню. Второй фрагмент будет работать, если это проблема.