У меня есть таблица с результатами ELISA с образцами в строках и анализа количественных сигналов от 75 различных антител в столбцах. Теперь я хочу узнать, какие маркеры коррелируют друг с другом по всему набору данных, с какими значениями p и fdr.
Работает один за другим для отдельных столбцов:
pvalues_IL17A <- c()
for (i in 1:ncol(data1)){
pvalues_IL17A[i] <- cor.test(data1[,i], data1$IL.17A,
method="spearman")$p.value
}
ИЛИ
pvalues_IL17A <- c()
for (i in 1:ncol(data1)){
pvalues_IL17A[i] <- cor.test(data1[,i], data1$IL.17A,
method="spearman")$estimate
}
Я попытался создать вложенный цикл, поскольку я не хочу запускать код 75 раз, например, для значений:
pvalues <- c()
for (i in 1:ncol(data1)){
for (j in 1:ncol(data1)){
pvalues[i,j] <- cor.test(as.matrix(data1[,i]), as.matrix(data1[,j]),
method="spearman")$p.value
}}
Но это не работает: ошибка в значениях[i, j] <- cor.test (as.matrix (data1 [, i]), as.matrix (data1 [,: неверное количество подписчиков в матрице </p>
Может кто-нибудь определить ошибку? ожидайте матрицу со всеми анализами в строках, а также столбцы с p-значениями для значимой корреляции. Если анализ в столбце и строке одинаков, значение должно быть 0.
Я очень ценю вашу помощь!