Просто чтобы сформулировать задачу для всех:
PHP mysql_query, автоматически разграничивает конец каждой команды SQL и, кроме того, очень смутно описывает это в своем руководстве. Все, кроме одной команды, приведет к ошибке.
С другой стороны, mysql_query подходит для строки, содержащей комментарии в стиле SQL, \ n, \ r ..
Ограничение mysql_query проявляется в том, что анализатор SQL сообщает о проблеме непосредственно при следующей команде, например
You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your
MySQL server version for the right syntax to use near 'INSERT INTO `outputdb:`
(`intid`, `entry_id`, `definition`) VALUES...
Вот быстрое решение:
(при условии хорошо отформатированного SQL;
$sqlCmds = preg_split("/[\n|\t]*;[\n|\t]*[\n|\r]$/", $sqlDump);